Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatatcgttcgaccttcttttaactggtttgaaaaaaaatgattgctgtggttatagcaatttcttatgcctttattgataaacctttatctggcagACATATGTTCTCTTCGTTCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCTGTCATATGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G39980.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G39980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT2G17510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
gtaatatcgttcgaccttcttttaactggtttgaaaaaaaatgattgctgtggttatagcaatttcttatgcctttattgataaacctttatctggcagACATATGTTCTCTTCGTTCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCTGTCATATGG
                      |||    ||   | | ||||   | |  |   | | | ||||||| ||||  | ||  |  |   | |  || | ||| || || |||||| |  ||||||||||||||||||||||||| || || |||
---------------------gtaatatcttcttacagaaatacattccctttgtgttggaatttct-atgcactcatgaaacatgatattgcttgtagATATTTGCTCTCTTAGAGCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCGGTTATTTGG

upper sequence: GLYMA04G39980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv07s0031g02190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
----------------gtaatatcgttcgaccttcttttaactggtttgaaaaaaaatgattgctgtggttatagcaatttcttat--------gcctttattgataa--acctttatctggcagACATATGTTCTCTTCGTTCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCTGTCATATGG
                | ||| |  |      |   | ||  | |||||| | |||    |   ||   | ||    ||||||| |        |  || |||  | |  | |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||
gtggtttctttttatagaaattttttatatgttgggtgtatgttgtttgatataaagaactgcttgatttgatgctgatttcttgttggttctagaattcatttgtcataagctttatcttgcagATATATGTTCTCTTCGGTCTGATGTGGAAAGGCTAGCTTTCTCTGTTATTTGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctgtggttatagcaatttcttatgcctttattgataaacctttatctggcagACATATGTTCTCTTCGTTCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCTGTCATATGG
                               tattgat  putative branch site (score: 3)
                                         cctttatct  putative PPT
                             tttattgataaa  TA-rich tract