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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGCCCCGCGGGCTTTAAGAAGTTCGCGGAGGCCGTGAAGCCGAAGGTGGCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagccgcgcgccgtgtcggagccaggggggagctggcggggcttgcgaagcagctggaggctggagtggggcgggccgagagccgggggctgag...

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98373
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161820970|gb|FC110474.1|FC110474
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTAGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|10126082|gb|BE724786.1|BE724786
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|15701457|gb|BI725762.1|BI725762
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|9027949|gb|BE237989.1|BE237989
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|161798100|gb|FC082636.1|FC082636
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTAGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|10126081|gb|BE724785.1|BE724785
EST:     CTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: CTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGG-TGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|49460093|gb|BP088006.1|BP088006
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|49460208|gb|BP088121.1|BP088121
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|161798222|gb|FC083457.1|FC083457
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACC-ACCTGGTGGTAGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|6545568|gb|AV391352.1|AV391352
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCA-AA                         GGTCA-CTACTTCGACANGGACCTGT-CGCTGC-GTGGC
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGC
EST: gi|15701185|gb|BI725490.1|BI725490
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGT
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGT
EST: gi|161800865|gb|FC084111.1|FC084111
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTAGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|161812274|gb|FC096698.1|FC096698
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTAGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|10773499|gb|AV624322.1|AV624322
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|14235308|gb|BG854124.1|BG854124
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|8576812|gb|BE129449.1|BE129449
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|15692436|gb|BI716741.1|BI716741
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|161794466|gb|FC080782.1|FC080782
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTAGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|161802251|gb|FC091568.1|FC091568
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTAGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|23366313|gb|BU654133.1|BU654133
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|6552098|gb|AV397882.1|AV397882
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACAT
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACAT
EST: gi|16437776|gb|BM002996.1|BM002996
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|16072958|gb|BI874954.1|BI874954
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
EST: gi|14239633|gb|BG858449.1|BG858449
EST:     GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAA                         GGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG
genomic: GCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagc ... tggcccccagGGTCAACTACTTCGACAAGGACCTGTTCGCTGCCGTGGCCGCCAACATCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ACAGCCCCGCGGGCTTTAAGAAGTTCGCGGAGGCCGTGAAGCCGAAGGTGGCTGGTCTGGAGCCGCAGCAGGTCACCGACCTGGTGGTGGCCTTCCACAAgtgagagagccgcgcgccgtgtcggagccaggggggagctggcggggcttgcgaagcagctggaggctggagtggggcgggccgagagccgggggctgag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
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