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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagacctggccgtgacagcggtggacatgttgcttggagtgcaggcacgccgtaggtccctcaacaacaccatcccatacacctgacacccgcccctacctgtcttctggcccccccgcccgccgcacacagCTGCTACCTGATGGGTCGGCCCTGGGTCACGTCCTGGGCGCCCAAGAAGCTGTCCGAGGTGGTCACCGCCGCCGACCGCGTGTGCTTCCGCTCCAACTCC

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98189
intron # 40
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|239841372|gb|GR283229.1|GR283229
EST:     GGCTGGGTGCCGCCCAACAACCAGCCGCCGGAGGACTTCGCGCCAAACAC                         CTGCTACCTGATGGGTCGGCCCTGGGTCACGTCCTGGGCGCCCAAGAAGCT
genomic: GGCTGGGTGCCGCCCAACAACCAGCCGCCGGAGGACTTCGCGCCAAACACgtgagacctg ... ccgcacacagCTGCTACCTGATGGGTCGGCCCTGGGTCACGTCCTGGGCGCCCAAGAAGCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacacctgacacccgcccctacctgtcttctggcccccccgcccgccgcacacagCTGCTACCTGATGGGTCGGCCCTGGGTCACGTCCTGGGCGCCCAAGAAGCTGTCCGAGGTGGTCACCGCCGCCGACCGCGTGTGCTTCCGCTCCAACTCC
   acctgac  putative branch site (score: 3)
 cccccccgcccgcc  putative PPT