Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   
29  
 5'  3'   
30  
 5'  3'   
31  
 5'  3'   
32  
 5'  3'   
33  
 5'  3'   
34  
 5'  3'   
35  
 5'  3'   
36  
 5'  3'   
37  
 5'  3'   
38  
 5'  3'   
39  
 5'  3'   
40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   
42  
 5'  3'   
43  
 5'  3'   
44  
 5'  3'   
45  
 5'  3'   
46  
 5'  3'   
47  
 5'  3'   
48  
 5'  3'   
49  
 5'  3'   
50  
 5'  3'   
51  
 5'  3'   
52  
 5'  3'   
53  
 5'  3'   
54  
 5'  3'   
55  
 5'  3'   
56  
 5'  3'   
57  
 5'  3'   
58  
 5'  3'   
59  
 5'  3'   
60  
 5'  3'   
61  
 5'  3'   
62  
 5'  3'   
63  
 5'  3'   
64  
 5'  3'   
65  
 5'  3'   
66  
 5'  3'   
67  
 5'  3'   
68  
 5'  3'   
69  
 5'  3'   
70  
 5'  3'   
71  
 5'  3'   
72  
 5'  3'   
73  
 5'  3'   
74  
 5'  3'   
75  
 5'  3'   
76  
 5'  3'   
77  
 5'  3'   
78  
 5'  3'   
79  
 5'  3'   
80  
 5'  3'   
81  
 5'  3'   
82  
 5'  3'   
83  
 5'  3'   
84  
 5'  3'   
85  
 5'  3'   
86  
 5'  3'   
87  
 5'  3'   
88  
 5'  3'   
89  
 5'  3'   
90  
 5'  3'   
91  
 5'  3'   
92  
 5'  3'   
93  
 5'  3'   
94  
 5'  3'   
95  
 5'  3'   
96  
 5'  3'   
97  
 5'  3'   
98  
 5'  3'   
99  
 5'  3'   
100  
 5'  3'   
101  
 5'  3'   
102  
 5'  3'   
103  
 5'  3'   
104  
 5'  3'   
105  
 5'  3'   
106  
 5'  3'   
107  
 5'  3'   
108  
 5'  3'   
109  
 5'  3'   
110  
 5'  3'   
111  
 5'  3'   
112  
 5'  3'   
113  
 5'  3'   
114  
 5'  3'   
115  
 5'  3'   
116  
 5'  3'   
117  
 5'  3'   
118  
 5'  3'   
119  
 5'  3'   
120  
 5'  3'   
121  
 5'  3'   
122  
 5'  3'   
123  
 5'  3'   
124  
 5'  3'   
125  
 5'  3'   
126  
 5'  3'   
127  
 5'  3'   
128  
 5'  3'   
129  
 5'  3'   
130  
 5'  3'   
131  
 5'  3'   
132  
 5'  3'   
133  
 5'  3'   
134  
 5'  3'   
135  
 5'  3'   
136  
 5'  3'   
137  
 5'  3'   
138  
 5'  3'   
139  
 5'  3'   
140  
 5'  3'   
141  
 5'  3'   
142  
 5'  3'   
143  
 5'  3'   
144  
 5'  3'   
145  
 5'  3'   
146  
 5'  3'   
147  
 5'  3'   
148  
 5'  3'   
149  
 5'  3'   
150  
 5'  3'   
151  
 5'  3'   
152  
 5'  3'   
153  
 5'  3'   
154  
 5'  3'   
155  
 5'  3'   
156  
 5'  3'   
157  
 5'  3'   
158  
 5'  3'   
159  
 5'  3'   
160  
 5'  3'   
161  
 5'  3'   
162  
 5'  3'   
163  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgttgtgttgtagagcgggcagctgggctcactgggataggtacactgcccatgccaacaagcggcggcgtgctggtgcgagtaacacactgaatgcacctgctggtccttctcttcagGGTGGCGGCGGCGGAGGCACAGGATTCTG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98189
intron # 149
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcggcgtgctggtgcgagtaacacactgaatgcacctgctggtccttctcttcagGGTGGCGGCGGCGGAGGCACAGGATTCTG
               gagtaac  putative branch site (score: 2)
 ctggtccttctcttc  putative PPT