Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   
29  
 5'  3'   
30  
 5'  3'   
31  
 5'  3'   
32  
 5'  3'   
33  
 5'  3'   
34  
 5'  3'   
35  
 5'  3'   
36  
 5'  3'   
37  
 5'  3'   
38  
 5'  3'   
39  
 5'  3'   
40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   
42  
 5'  3'   
43  
 5'  3'   
44  
 5'  3'   
45  
 5'  3'   
46  
 5'  3'   
47  
 5'  3'   
48  
 5'  3'   
49  
 5'  3'   
50  
 5'  3'   
51  
 5'  3'   
52  
 5'  3'   
53  
 5'  3'   
54  
 5'  3'   
55  
 5'  3'   
56  
 5'  3'   
57  
 5'  3'   
58  
 5'  3'   
59  
 5'  3'   
60  
 5'  3'   
61  
 5'  3'   
62  
 5'  3'   
63  
 5'  3'   
64  
 5'  3'   
65  
 5'  3'   
66  
 5'  3'   
67  
 5'  3'   
68  
 5'  3'   
69  
 5'  3'   
70  
 5'  3'   
71  
 5'  3'   
72  
 5'  3'   
73  
 5'  3'   
74  
 5'  3'   
75  
 5'  3'   
76  
 5'  3'   
77  
 5'  3'   
78  
 5'  3'   
79  
 5'  3'   
80  
 5'  3'   
81  
 5'  3'   
82  
 5'  3'   
83  
 5'  3'   
84  
 5'  3'   
85  
 5'  3'   
86  
 5'  3'   
87  
 5'  3'   
88  
 5'  3'   
89  
 5'  3'   
90  
 5'  3'   
91  
 5'  3'   
92  
 5'  3'   
93  
 5'  3'   
94  
 5'  3'   
95  
 5'  3'   
96  
 5'  3'   
97  
 5'  3'   
98  
 5'  3'   
99  
 5'  3'   
100  
 5'  3'   
101  
 5'  3'   
102  
 5'  3'   
103  
 5'  3'   
104  
 5'  3'   
105  
 5'  3'   
106  
 5'  3'   
107  
 5'  3'   
108  
 5'  3'   
109  
 5'  3'   
110  
 5'  3'   
111  
 5'  3'   
112  
 5'  3'   
113  
 5'  3'   
114  
 5'  3'   
115  
 5'  3'   
116  
 5'  3'   
117  
 5'  3'   
118  
 5'  3'   
119  
 5'  3'   
120  
 5'  3'   
121  
 5'  3'   
122  
 5'  3'   
123  
 5'  3'   
124  
 5'  3'   
125  
 5'  3'   
126  
 5'  3'   
127  
 5'  3'   
128  
 5'  3'   
129  
 5'  3'   
130  
 5'  3'   
131  
 5'  3'   
132  
 5'  3'   
133  
 5'  3'   
134  
 5'  3'   
135  
 5'  3'   
136  
 5'  3'   
137  
 5'  3'   
138  
 5'  3'   
139  
 5'  3'   
140  
 5'  3'   
141  
 5'  3'   
142  
 5'  3'   
143  
 5'  3'   
144  
 5'  3'   
145  
 5'  3'   
146  
 5'  3'   
147  
 5'  3'   
148  
 5'  3'   
149  
 5'  3'   
150  
 5'  3'   
151  
 5'  3'   
152  
 5'  3'   
153  
 5'  3'   
154  
 5'  3'   
155  
 5'  3'   
156  
 5'  3'   
157  
 5'  3'   
158  
 5'  3'   
159  
 5'  3'   
160  
 5'  3'   
161  
 5'  3'   
162  
 5'  3'   
163  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgcgatgccacctcgaacttgatgctttgcctgtcgcttggaattcgctccgtataccacttgcatccttgataccgttacttgccttgcgttaaccatgccgtcgtccatggctgctttcccacagCGACCTCGTCCTTCCTGCCCTGGCCTGGGAGGTGCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98189
intron # 125
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taccgttacttgccttgcgttaaccatgccgtcgtccatggctgctttcccacagCGACCTCGTCCTTCCTGCCCTGGCCTGGGAGGTGCAG
                 cgttaac  putative branch site (score: 3)
 ctgctttccc  putative PPT