Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   
29  
 5'  3'   
30  
 5'  3'   
31  
 5'  3'   
32  
 5'  3'   
33  
 5'  3'   
34  
 5'  3'   
35  
 5'  3'   
36  
 5'  3'   
37  
 5'  3'   
38  
 5'  3'   
39  
 5'  3'   
40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   
42  
 5'  3'   
43  
 5'  3'   
44  
 5'  3'   
45  
 5'  3'   
46  
 5'  3'   
47  
 5'  3'   
48  
 5'  3'   
49  
 5'  3'   
50  
 5'  3'   
51  
 5'  3'   
52  
 5'  3'   
53  
 5'  3'   
54  
 5'  3'   
55  
 5'  3'   
56  
 5'  3'   
57  
 5'  3'   
58  
 5'  3'   
59  
 5'  3'   
60  
 5'  3'   
61  
 5'  3'   
62  
 5'  3'   
63  
 5'  3'   
64  
 5'  3'   
65  
 5'  3'   
66  
 5'  3'   
67  
 5'  3'   
68  
 5'  3'   
69  
 5'  3'   
70  
 5'  3'   
71  
 5'  3'   
72  
 5'  3'   
73  
 5'  3'   
74  
 5'  3'   
75  
 5'  3'   
76  
 5'  3'   
77  
 5'  3'   
78  
 5'  3'   
79  
 5'  3'   
80  
 5'  3'   
81  
 5'  3'   
82  
 5'  3'   
83  
 5'  3'   
84  
 5'  3'   
85  
 5'  3'   
86  
 5'  3'   
87  
 5'  3'   
88  
 5'  3'   
89  
 5'  3'   
90  
 5'  3'   
91  
 5'  3'   
92  
 5'  3'   
93  
 5'  3'   
94  
 5'  3'   
95  
 5'  3'   
96  
 5'  3'   
97  
 5'  3'   
98  
 5'  3'   
99  
 5'  3'   
100  
 5'  3'   
101  
 5'  3'   
102  
 5'  3'   
103  
 5'  3'   
104  
 5'  3'   
105  
 5'  3'   
106  
 5'  3'   
107  
 5'  3'   
108  
 5'  3'   
109  
 5'  3'   
110  
 5'  3'   
111  
 5'  3'   
112  
 5'  3'   
113  
 5'  3'   
114  
 5'  3'   
115  
 5'  3'   
116  
 5'  3'   
117  
 5'  3'   
118  
 5'  3'   
119  
 5'  3'   
120  
 5'  3'   
121  
 5'  3'   
122  
 5'  3'   
123  
 5'  3'   
124  
 5'  3'   
125  
 5'  3'   
126  
 5'  3'   
127  
 5'  3'   
128  
 5'  3'   
129  
 5'  3'   
130  
 5'  3'   
131  
 5'  3'   
132  
 5'  3'   
133  
 5'  3'   
134  
 5'  3'   
135  
 5'  3'   
136  
 5'  3'   
137  
 5'  3'   
138  
 5'  3'   
139  
 5'  3'   
140  
 5'  3'   
141  
 5'  3'   
142  
 5'  3'   
143  
 5'  3'   
144  
 5'  3'   
145  
 5'  3'   
146  
 5'  3'   
147  
 5'  3'   
148  
 5'  3'   
149  
 5'  3'   
150  
 5'  3'   
151  
 5'  3'   
152  
 5'  3'   
153  
 5'  3'   
154  
 5'  3'   
155  
 5'  3'   
156  
 5'  3'   
157  
 5'  3'   
158  
 5'  3'   
159  
 5'  3'   
160  
 5'  3'   
161  
 5'  3'   
162  
 5'  3'   
163  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcggcgcgcggcccgcatgcatgccagtatgccgttcagcgcgagtctgcaccctcgccccctgatcccatgtgttaccgccctgccatccccagGTGGACTATCAGACCATCACCAACACCTCCGAGTACATGTACGACCTAGTGCCGCTCGCCATCAACTTCGGGGCGATGACGGCATACTCG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98189
intron # 132
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcgagtctgcaccctcgccccctgatcccatgtgttaccgccctgccatccccagGTGGACTATCAGACCATCACCAACACCTCCGAGTACATGTACGACCTAGTGCCGCTCGCCATCAACTTCGGGGCGATGACGGCATACTCG
                   ccctgat  putative branch site (score: 4)
 ccatcccc  putative PPT