Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGAGTTTCTATTCACGACTCTGAAGATGCCAAATTCAATGATATAAACATGGCAAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCTCAACATCCTTACAAgtacaaaatccagccgcttcttttctttttccttataatcttgtcttgttacttgatctaatcttgctttttttggcttttaaag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G30210.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164226653|gb|EL979026.1|EL979026
EST:     ATGGCAAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCTCAACATCCTTACAA                         AGCAAATGTCGCTGTTAAAAGGG
genomic: ATGGCAAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCTCAACATCCTTACAAgtacaaaatc ... gcttttaaagAGCAAATGTCGCTGTTAAAAGGG
EST: gi|86044359|gb|DR340114.1|DR340114
EST:     ATGGCAAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCTCAACATCCTTACAA                         AGCAAATGTCGCTGTTAAAAGGGAGCTTCATACTCCCGAGTCTGATCGTTC
genomic: ATGGCAAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCTCAACATCCTTACAAgtacaaaatc ... gcttttaaagAGCAAATGTCGCTGTTAAAAGGGAGCTTCATACTCCCGAGTCTGATCGTTC