Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcttttcaactatcaatcatgatttcctgccaagcaagcaaacaatcctttttagggtttctccttaattatcatttagttgttgtctgactatccttaatgcttgtttttcagATATGGGTTTATGGAGACAGCTTCAAATCTATGCTTGTCGCGGTGGTTGTTCCCAACCCAGAAACCGTCAACAGGTGGGCTAAAGATCTCGGTTTTACTA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G47240.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125155851|gb|EL185754.1|EL185754
EST:     TTCGGGCAAAACTCTGTTGTCCAAGAT                         ATATGGGTTTATGGAGACAGCTTCAAATCTATGCTTGTCGCGGTGGTTGTT
genomic: TTCGGGCAAAACTCTGTTGTCCAAGATgtaagctttt ... tgtttttcagATATGGGTTTATGGAGACAGCTTCAAATCTATGCTTGTCGCGGTGGTTGTT
EST: gi|116485842|gb|EG528434.1|EG528434
EST:     CTCTCGAGCATTTGGAAAACATCTTCGGGCAAAACTCTGTTGTCCAAGAT                         ATATGGGTTTATGGAGACAGCTTCAAATCTATGCTTGTCGCGGTGGTTGTT
genomic: CTCTCGAGCATTTGGAAAACATCTTCGGGCAAAACTCTGTTGTCCAAGATgtaagctttt ... tgtttttcagATATGGGTTTATGGAGACAGCTTCAAATCTATGCTTGTCGCGGTGGTTGTT
EST: gi|125320743|gb|EL334828.1|EL334828
EST:     CTCTCGAGCATTTGGAAAACATCTTCGGGCAAAACTCTGTTGTCCAAGAT                         ATATGGGTTTATGGNGACAGCTTCAAAT
genomic: CTCTCGAGCATTTGGAAAACATCTTCGGGCAAAACTCTGTTGTCCAAGATgtaagctttt ... tgtttttcagATATGGGTTTATGGAGACAGCTTCAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctccttaattatcatttagttgttgtctgactatccttaatgcttgtttttcagATATGGGTTTATGGAGACAGCTTCAAATCTATGCTTGTCGCGGTGGTTGTTCCCAACCCAGAAACCGTCAACAGGTGGGCTAAAGATCTCGGTTTTACTA
                                           cttgtttttc  CT-rich tract
     ttaattatcatttagt  TA-rich tract