Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtaatttagcaggttttggtattgtgcattttgttttgtttgctaatatctatgtttatgtttttggataaagCTTCATTGGCAATCCTGGTCTTTGCGGTAGTTGGCTAAACTCACCGTGTCATGATTCTCGTCGAACTGTACGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G26330.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86067492|gb|DR363249.1|DR363249
EST:     GTAGGCGATATCCCTAAGAACAATAACTTCTCAAAATTTTCACCAGACAG                         CTTCATTGGCAATCCTGGTCTTTGCGGTAGTTGGCTAAACTC
genomic: GTAGGTGATATCCCTAAGAACAATAACTTCTCAAGATTTTCACCAGACAGgtatggtaat ... ttggataaagCTTCATTGGCAATCCTGGTCTTTGCGGTAGTTGGCTAAACTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtattgtgcattttgttttgtttgctaatatctatgtttatgtttttggataaagCTTCATTGGCAATCCTGGTCTTTGCGGTAGTTGGCTAAACTCACCGTGTCATGATTCTCGTCGAACTGTACGAG
                      tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                        tgttttt  putative PPT
                         taatatctatgtttat  TA-rich tract