Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatgctgacgattggctgaaattaactgggtgtgagaaattgtgatctcccaacttgttaatgcacaatgtgctggctaacttgccaatatttttttcagCCTCATCTTGTAAAGGATAGCATCCAAATGAAATTCAAGGAATCTGGTGCTATTACTTTTTGGGAATTTTATGAAGGGCATGTTGATACTAGAAATGGAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G858094_T01
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G858094_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 26
lower sequence: LOC_Os05g22940.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 28
gatgctgacgattggctgaaattaactgggtgtgagaaattgtg----atctcccaacttgttaatgcacaatgtgctggctaacttgccaata-tttttttcagCCTCATCTTGTAAAGGATAGCATCCAAATGAAATTCAAGGAATCTGGTGCTATTACTTTTTGGGAATTTTATGAAGGGCATGTTGATACTAGAAATGGAC
          | | | ||     |  ||  | |  ||| |||||    ||     ||| || || ||| | || || | ||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  |  ||||| |||| |||| |||| |||||||||  |||||||||| ||||| | ||||||||| 
-----aagttacttgttgtggagagatgtattttggaacttgtggcacatgcagtaacatgctactgctcgatatgtttgctaacttgacaacaatatttttcagCCTCATCTTGTAAAGGACAGTATCAAAATGAAATGGATAGAATCGGGTGTTATTGCTTTATGGGAATTTCCTGAAGGGCATTTTGATGCAAGAAATGGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctcccaacttgttaatgcacaatgtgctggctaacttgccaatatttttttcagCCTCATCTTGTAAAGGATAGCATCCAAATGAAATTCAAGGAATCTGGTGCTATTACTTTTTGGGAATTTTATGAAGGGCATGTTGATACTAGAAATGGAC
                             ggctaac  putative branch site (score: 2)
                                           tatttttttc  putative PPT
                                         aatatttttttca  TA-rich tract