Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagataaagatatcatgctaacatcttttgtcaagctactgcgaaaacataccaatgcaaggtctaatttaagtaattgtcacatgctacagAAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G858094_T01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G858094_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os05g22940.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtaagataaag-atatcat--gctaacatcttttgtcaagctactgcg-aaaacat-accaatgcaaggtctaatttaagt--aattgtcac-atgctacagAAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAG
|||||| |||  ||  ||     || ||| || ||| |||| | |||| ||||||| | ||||     |||| |||||| |  | || |     |||| ||||||||||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
gtaagacaaactatgccactcattagcat-ttatgtgaagcaaatgcggaaaacatgatcaatatgtcgtcttatttaaatttatttatttttgtgctgcagAAAACAGTAACTGCCAACACGGCCACTGTTTCTGATTATGTTGGTTATCTTACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932926|gb|CF037738.1|CF037738
EST:     AAGCTGAGAGGCCCCCATGGTATATTTCAGTGGTTGGAGGTGCTTTATAT                         AAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCCC
genomic: AAGCTGAGAGGCCCCCATGGTATATTTCAGTGGTTGGGGGTGCTTTATATgtaagataaa ... catgctacagAAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTC
EST: gi|32933506|gb|CF038318.1|CF038318
EST:     AAGCTGAGAGGCCCCCATGGTATATTTCAGTGGTTGGAGGTGCTTTATAT                         AAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCCC
genomic: AAGCTGAGAGGCCCCCATGGTATATTTCAGTGGTTGGGGGTGCTTTATATgtaagataaa ... catgctacagAAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actgcgaaaacataccaatgcaaggtctaatttaagtaattgtcacatgctacagAAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAG
                        gtctaat  putative branch site (score: 3)
                         tctaatttaagtaatt  TA-rich tract