Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatcctgaggttcagagcttcagatatctgagagtagctgtgttagctcgtctgtttgtaggaacagtgccttagttaccttgcatggttgcacatttttgtggatctgatcatccctctttgttcatggttctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGCTATATTTGGTCTTGGGACCGTAGGACTTTCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G149272_T05
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14203856|gb|BG837533.1|BG837533
EST:     GACCGTSCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG                         GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: gi|5296121|gb|AI782996.1|AI782996
EST:     GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG                         GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: gi|50322631|gb|CO517757.1|CO517757
EST:     GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG                         GACTCGGTGCA
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCA
EST: gi|6194720|gb|AW146824.1|AW146824
EST:     GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG                         GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: gi|5895803|gb|AW037049.1|AW037049
EST:     GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG                         GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: gi|5895869|gb|AW037115.1|AW037115
EST:     GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG                         GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: gi|6020665|gb|AW065698.1|AW065698
EST:     GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTTTCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG                         GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgcacatttttgtggatctgatcatccctctttgttcatggttctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGCTATATTTGGTCTTGGGACCGTAGGACTTTCT
                 atctgat  putative branch site (score: 4)
                                           ttctatc  putative PPT
     acattttt  TA-rich tract