Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgagccctcaatcataaagggttgttttgtgtgtaattggtctttaacaaattacatgttataatattttccttttgataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTACAGCAAGTATGATGTTCTTCTACTTGTTGGATTAGGGATTGGTGCAACT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G138152_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32928792|gb|CF033604.1|CF033604
EST:     GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGC                         CTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
genomic: GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGCgtatgagccc ... gataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
EST: gi|32928557|gb|CF033369.1|CF033369
EST:     GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGC                         CTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
genomic: GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGCgtatgagccc ... gataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
EST: gi|32929468|gb|CF034280.1|CF034280
EST:     GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGC                         CTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
genomic: GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGCgtatgagccc ... gataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
EST: gi|76011642|gb|DT938812.1|DT938812
EST:     GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGC                         CTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
genomic: GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGCgtatgagccc ... gataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
EST: gi|32929691|gb|CF034503.1|CF034503
EST:     GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAACAAAGC                         CTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
genomic: GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGCgtatgagccc ... gataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
EST: gi|5566901|gb|AI881812.1|AI881812
EST:     GTGAGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGC                         CTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
genomic: GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGCgtatgagccc ... gataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
EST: gi|32929564|gb|CF034376.1|CF034376
EST:     GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGC                         CTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA
genomic: GTGGGCGGTAAAAGTGGCCTTCTTAGAGCAGACGAGACAACCAAGAAAGCgtatgagccc ... gataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaattggtctttaacaaattacatgttataatattttccttttgataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTACAGCAAGTATGATGTTCTTCTACTTGTTGGATTAGGGATTGGTGCAACT
                                   ttttccttttg  CT-rich tract
           tttaacaaattacatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgagccctcaatcataaagggttgttttgtgtgtaattggtctttaacaaattacatgttataatattttccttttgataatgcagCTTACCAAAACTTCTGATTGATGGACCTTATGGTTCTCCTGCTCAGGATTACAGCAAGTATGATGTTCTTCTACTTGTTGGATTAGGGATTGGTGCAACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG