Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattcatctgatctgtttaacatattgcttttgttcctagaactgtaatatcatgtttttttttggctctggtactctaatactgtacaatttatcctcagtgtgtcatttcagattttacttgactacaaatgtgtttccattgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCTATCAGAAGTAAAGAAGGCACAGAGAAAGCTTCCAAAGAATCCACTCCTA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086484_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60400869|gb|DN233676.1|DN233676
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|83278326|gb|DV942334.1|DV942334
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|6022289|gb|AW067217.1|AW067217
EST:     CAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: CAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|19770206|gb|BQ034927.1|BQ034927
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|19770249|gb|BQ034970.1|BQ034970
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|18649762|gb|BM498581.1|BM498581
EST:     CAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCCCTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: CAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|60355351|gb|DN222324.1|DN222324
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|19769590|gb|BQ034311.1|BQ034311
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|71311912|gb|DR792439.1|DR792439
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|87153971|gb|DY398760.1|DY398760
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|78024638|gb|DV493025.1|DV493025
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|71762836|gb|DR960773.1|DR960773
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|19351230|gb|BM895762.1|BM895762
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|71315320|gb|DR794272.1|DR794272
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|22491304|gb|BU051227.1|BU051227
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|19822448|gb|BQ048472.1|BQ048472
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
EST: gi|37374586|gb|CF623668.1|CF623668
EST:     AGAAGGGGGTAGTTGTTGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAG                         CATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT
genomic: AGAAGGGGGTAGTTGTCGTTCATGAAACCAAATGCAAGGTGTATGTCAAGgtattcatct ... attgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcagtgtgtcatttcagattttacttgactacaaatgtgtttccattgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCTATCAGAAGTAAAGAAGGCACAGAGAAAGCTTCCAAAGAATCCACTCCTA
                       acttgac  putative branch site (score: 4)
                                        tttccatt  putative PPT
                  attttactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtattcatctgatctgtttaacatattgcttttgttcctagaactgtaatatcatgtttttttttggctctggtactctaatactgtacaatttatcctcagtgtgtcatttcagattttacttgactacaaatgtgtttccattgttgcagCATGATGATGCCACTAAGGGTTGGAAAGACATTGGTGTTGGTCAGCTCTCTATCAGAAGTAAAGAAGGCACAGAGAAAGCTTCCAAAGAATCCACTCCTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA