Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaatgcacattactctttaacttacatgcctacttcatgtgacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16970.3
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G052875_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaatgcacattactc--tttaacttacatgcctacttcatgtgacag
||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||||  |  | ||  | |||| | ||| ||   ||||  | || ||| |  | | |  ||||| | || ||    |  |||
GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGAgtatgtggattgatacagattaagcttctatcttctctaaaaaaaccgcagtacaccatcttatatacatacatatttgccattgcag

upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: AC213600.3_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 14
GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaa---tgcacattactct-ttaacttacatgcctacttcatgtgacag
||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||    || ||  | ||  ||||     ||||   | | || |||||  |   ||||  | ||||  |  |    |||
GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGATGTAGATGAGCCTAGCAGATGCGAgtacgtggattgctacggattcaattcccttctttcttaaaaaaaattccgcagtactccatcttcttatttacctatatgctactgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33679534|gb|CF307773.1|CF307773
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679492|gb|CF307731.1|CF307731
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627610|gb|CB632621.1|CB632621
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86489801|gb|CI132434.1|CI132434
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTAAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88511531|gb|CI439037.1|CI439037
EST:     CTGAACAATGAAGTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCNCTTTGCNATGAACAAAAACTTAA
genomic: CTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88262324|gb|CI366098.1|CI366098
EST:     AATGAACTTAAT-GTGTCGATGAGCCTA-TAGATGCGA                         GTATGTGGCTTTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: AATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33681972|gb|CF310211.1|CF310211
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679522|gb|CF307761.1|CF307761
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679756|gb|CF307995.1|CF307995
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29614303|gb|CB619316.1|CB619316
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|218491672|gb|FG963178.1|FG963178
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679967|gb|CF308206.1|CF308206
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679350|gb|CF307589.1|CF307589
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29622278|gb|CB627289.1|CB627289
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679589|gb|CF307828.1|CF307828
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627609|gb|CB632620.1|CB632620
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86535010|gb|CI175216.1|CI175216
EST:     ACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: ACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86535807|gb|CI176013.1|CI176013
EST:     CTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: CTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679903|gb|CF308142.1|CF308142
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679526|gb|CF307765.1|CF307765
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|89172732|gb|CI022611.1|CI022611
EST:     GGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: GGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33677422|gb|CF305661.1|CF305661
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88966807|gb|CI366030.1|CI366030
EST:     GTGTCGATGAGCCTAGTATATGCGA                         GTATGGGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTTCGATGAACAAAAAACTGA
genomic: GTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAAC-AAAAACTGA
EST: gi|33680003|gb|CF308242.1|CF308242
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627670|gb|CB632681.1|CB632681
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|163925902|gb|EG709650.1|EG709650
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679947|gb|CF308186.1|CF308186
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627671|gb|CB632682.1|CB632682
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA