Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16970.3
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G052875_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatg--gcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA
                             | || ||  |  || ||   |  |||||||||||||||  | ||    ||     | ||  | ||    | |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| ||||||||
--------------------------gtaggtaactctacttgcatg--ccctttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA

upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: AC213600.3_FGT002 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA
                               ||| |  |  || ||   |  |||||| ||||||||  | ||   |||     | ||   |      |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||
---------------------------gtagtatgtctatctgcatg--ccctttctggttgcaggttctaaattctaactctttctgttgtttacactcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGATGTAGATGAGCCTAGCAGATGCGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33679534|gb|CF307773.1|CF307773
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679492|gb|CF307731.1|CF307731
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627610|gb|CB632621.1|CB632621
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33681972|gb|CF310211.1|CF310211
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679522|gb|CF307761.1|CF307761
EST:     AATTTTCAAATGGATACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679756|gb|CF307995.1|CF307995
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29614303|gb|CB619316.1|CB619316
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|218491672|gb|FG963178.1|FG963178
EST:     AGACAGATGCTGGTAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AGACAGATGCTGG-AATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679967|gb|CF308206.1|CF308206
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679350|gb|CF307589.1|CF307589
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29622278|gb|CB627289.1|CB627289
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679589|gb|CF307828.1|CF307828
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627609|gb|CB632620.1|CB632620
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|88371457|gb|CI602635.1|CI602635
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAA
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAA
EST: gi|33679903|gb|CF308142.1|CF308142
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679526|gb|CF307765.1|CF307765
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33677422|gb|CF305661.1|CF305661
EST:     GCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: GCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33680003|gb|CF308242.1|CF308242
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627670|gb|CB632681.1|CB632681
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|163925902|gb|EG709650.1|EG709650
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679947|gb|CF308186.1|CF308186
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627671|gb|CB632682.1|CB632682
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA
                      acttaat  putative branch site (score: 4)
                                      cttgcctt  putative PPT
               tcttgaaacttaataa  TA-rich tract