Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagatgaaaatacattaacattttgaaacaaacacactaataaagactcgtcttgaaaaattttgttttgcaatgatagcaatgttttgaaacttttcagGTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACAATTTCTGTTTGGGCATTTATATTGCCAATAACATTTTTCCTTCACATGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38930.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254316034|gb|GR825843.1|GR825843
EST:     TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAAT                         GTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
genomic: TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAATgtgagttctt ... aacttttcagGTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
EST: gi|254348039|gb|GR854288.1|GR854288
EST:     CTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAAT                         GTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
genomic: CTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAATgtgagttctt ... aacttttcagGTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
EST: gi|192320193|gb|FK014221.1|FK014221
EST:     TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAAT                         GTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
genomic: TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAATgtgagttctt ... aacttttcagGTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
EST: gi|26269574|gb|CA820637.1|CA820637
EST:     TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAAT                         GTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
genomic: TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAATgtgagttctt ... aacttttcagGTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
EST: gi|254348038|gb|GR854287.1|GR854287
EST:     TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAAT                         GTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA
genomic: TTTGGAATGTTGTATTGACCTCGTCAGTATGGAATGTTTATTCAATCAATgtgagttctt ... aacttttcagGTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actcgtcttgaaaaattttgttttgcaatgatagcaatgttttgaaacttttcagGTGCCCCTGTTAAGATGGAAGAGACACCCGCTGCTTGCGACAATATGCACAATTTCTGTTTGGGCATTTATATTGCCAATAACATTTTTCCTTCACATGC
                                               cttttc  CT-rich tract
       ttgaaaaattttgttt  TA-rich tract