Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATTATGGCTTTATGTGCAACCAGTTCCTACTATGACATCACAGAAATTGCTACTCGGATTCTTCCTAATGTTGTTGTACTCACAATTGATCTTGATAGgttatatcctgctggtggcttactattttctgcaatttgtggataagtttgctaataaattgatttcccactaactaatattttttagtggtttaaatat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G36180.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G36180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv13s0067g03110.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GCATTATGGCTTTATGTGCAACCAGTTCCTACTATGACATCACAGAAATTGCTACTCGGATTCTTCCTAATGTTGTTGTACTCACAATTGATCTTGATAGgttatatcctgctggtggcttactattttctgcaatttgtggataagtttgctaataaattgatttcccactaa--ctaatattttttagtggtttaaatat
|  |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||| |  |  |      |  |  ||  |||   ||||    |   | |  | ||| |   |        |    ||  | || | |||   | |  ||  
GAGTTATGGCTTTATGTGCGACCAGTTCTTATTATGACATCACAGAGATTGCAACTCGGATTCTGCCAAATGTTGTTGTACTTACCATTGATCCTGACAGgttatcttttctttcattgtcccctttcactgttgtttggatgtttctctcttgatatacataaacaaggatgctcctcttcttctatagcaatcttgat--