Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taacatttagaaaaaattaaaaagaaaggctcttgtacagtgccttaagtccatcattaccttgcttggcaaactgttaaaatttatgctcgtcttacagGCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAAGAAATTACAAAAACTAACAAGCAAGAAGGTGCAGCTCATCCTTACCAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G33140.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G33140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv13s0074g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
---taacatt-tagaaaaaattaaaaagaaaggctcttgtacagtgccttaagtccatcattaccttgcttggcaaactgttaaaatttatgctcgtctt-acagGCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAAGAAATTACAAAAACTAACAAGCAAGAAGGTGCAGCTCATCCTTACCAAC
   ||    | | ||   ||||   |   |   ||||    |||  ||   |  |   ||| | | |  |  | ||| | | | | | | |   | | || |||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||
ttgtatggctgttgatttaattctgatttagaactct---gcagctccagcaagctg-catcagcat-ttgaggaaattctaacactgtgttagcatattcacagGCAACAATTTTTAGAGCAGGGGGAATCAGTTCTTATGATTTCCATGGTGAAGAAAATACAAAAACTAACAAACAAGAAGGTGCAGCTTATACTCACCAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15286392|gb|BI470283.1|BI470283
EST:     ACCGGTCACATAACTAGGCTAGCTTCAATTGATTCCTTCGATTCAAAATG                         GCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAA
genomic: ACCGGTCACATAACTAGGCTAGCTTCAATTGATTCCTTCGATTCAAAATGgtgtgtacaa ... cgtcttacagGCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAA
EST: gi|208165474|gb|GD964498.1|GD964498
EST:     ACCGGTCACATAACTAGGCTAGCTTCAATTGATTCCTTCGATTCAAAATG                         GCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAA
genomic: ACCGGTCACATAACTAGGCTAGCTTCAATTGATTCCTTCGATTCAAAATGgtgtgtacaa ... cgtcttacagGCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAA
EST: gi|193519644|gb|FK477117.1|FK477117
EST:     ACCGGTCACATAACTAGGCTAGCTTCAATTGATTCCTTCGATTCAAAATG                         GCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAA
genomic: ACCGGTCACATAACTAGGCTAGCTTCAATTGATTCCTTCGATTCAAAATGgtgtgtacaa ... cgtcttacagGCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagtccatcattaccttgcttggcaaactgttaaaatttatgctcgtcttacagGCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAAGAAATTACAAAAACTAACAAGCAAGAAGGTGCAGCTCATCCTTACCAAC
                                           ctcgtctt  CT-rich tract
                         aaactgttaaaattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taacatttagaaaaaattaaaaagaaaggctcttgtacagtgccttaagtccatcattaccttgcttggcaaactgttaaaatttatgctcgtcttacagGCAACAATTTTTGGAACCTGGGGAATCTGTTCTTATGATCTCTATGGTGAAGAAATTACAAAAACTAACAAGCAAGAAGGTGCAGCTCATCCTTACCAAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tacagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttatgc