1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...atctatttgctttaaatgcttggttagtcaaagcttttggatattttcaaccatgttactaatggattatttaacagtcttattcctgagtcccttgcagAATATTGATGACATAAGAAATGGTCAAAGAACAAAAGTACCTATATTTGACTTGGAAAGTGGTGCTCGGAGTGGCTTCAAGGAACTTGAAGTTTCTGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G02060.1 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTTTAAATATGATGACTTCAGCGCACTTGATTTATCCTTGCTATCAAAG AATATTGATGACATAAGAAATGGTCAAAGAACAAAAGTACCTATATTTGACEST: gi|6482090|gb|AW201361.1|AW201361
genomic: ATTTTAAATATGATGACTTCAGCGCACTTGATTTATCCTTGCTATCAAAGgtaagctaat ... tcccttgcagAATATTGATGACATAAGAAATGGTCAAAGAACAAAAGTACCTATATTTGAC
EST: ATTTTAAATATGATGACTTCAGCGCACTTGATTTATTCTTGCTATCAAAG AATATTGATGACATAAGAAATGGTCAAAGAACAAAAGTACCTATATTTGAC
genomic: ATTTTAAATATGATGACTTCAGCGCACTTGATTTATCCTTGCTATCAAAGgtaagctaat ... tcccttgcagAATATTGATGACATAAGAAATGGTCAAAGAACAAAAGTACCTATATTTGAC
ttcaaccatgttactaatggattatttaacagtcttattcctgagtcccttgcagAATATTGATGACATAAGAAATGGTCAAAGAACAAAAGTACCTATATTTGACTTGGAAAGTGGTGCTCGGAGTGGCTTCAAGGAACTTGAAGTTTCTGAAG
tcccttgc CT-rich tract
taatggattatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atctatttgctttaaatgcttggttagtcaaagcttttggatattttcaaccatgttactaatggattatttaacagtcttattcctgagtcccttgcagAATATTGATGACATAAGAAATGGTCAAAGAACAAAAGTACCTATATTTGACTTGGAAAGTGGTGCTCGGAGTGGCTTCAAGGAACTTGAAGTTTCTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - -tgcttta
- - - - - - - - tgcttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - gcttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctaatgg