Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGGTCTTGGAGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAAGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaagttatgtttcttatataatccatttaaaattcgttttcttttgatttagaagaaacaaaaggggaaggatttggtggttgattgcattacatcgtttgccattatttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36990.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G36990.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G002807_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CAAGGTCTTGGAGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAAGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaagttatgtttcttatataatccatttaaaattcgttttcttttgat-ttagaagaaacaaaaggggaaggatttggtggttgat-tgcattacatcgtttgccattatttacag
|||  | ||   || ||||| ||||| |||||  || | ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||  |||  ||||||||| |||||||     |  || |   |||||   ||    ||||   || |  ||||   ||  || | ||  |   |        ||  || || |  || ||||  |  |  | ||||   |       
CAAAATGTTAAGGTTATTGCCTGCATAGGAGAGCTGCTGGAAGAGAGGGAAGCAGGCAAAACTTTTGATGTATGTTTTAGGCAGATGAAGGCTTTTGCAGgtga--aactttcttcatcttaagaaactttttta---ttggcattctagagaagtttgtaggcattgatttaatctgaggtgttgatgcatatgcaacatgt-atctgcctgcag------

upper sequence: GLYMA19G36990.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM5G852968_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CAAGGTCTTGGAGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAAGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaagttatgtttcttatataatccatttaaaattcgttttcttttgatttagaagaaacaaaaggggaaggatttggtggttgattgcattacatcgtttgccattatttacag
|||  | ||   || ||||| ||||| |||||  |  | ||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||| ||||  ||||||||| |||||||    ||| || | ||  |  ||  ||   ||| |    ||||  ||   ||   ||  |  |   |  |     | ||  |  |||||| ||||  |      ||    |  || |||
CAAAATGTTAAGGTTATTGCCTGCATAGGAGAGCTTCTGGAAGAGAGGGAAGCAGGGAAAACTTTTGAAGTATGTTTTGAGCAGATGAAGGCTTTTGCAGgt----gaaatt-tcttcatcttaggattttttttatgggcgtt--ctagagaagaagttgggaggcattgatttagcttgaggtgttgat-gcat-gcgcaacatgtatctgcttgcag

upper sequence: GLYMA19G36990.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv03s0038g01780.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
CAAGGTCTTGGAGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAAGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaagttatgtttcttatataatccatttaaaattc-gttttcttttgatttagaagaaacaaaaggggaaggatttggtggttgattgcattacatcgtttgccattatttacag
|| ||||||  ||| || || || ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |       ||     | || | |    |||  ||  | | ||  | || || |      |    ||||| | |    ||   |  ||  |  |||  | || | | | || ||   |||
CAGGGTCTTAAAGTAATAGCTTGTATTGGAGAACTGTTACAAGAAAGGGAAGCAGGAAAAACTTTTGATGTCTGTTTTCAGCAAATGAAGGCTTTTGCAGgcaagttctcttgctgatgttctctttctcatggaatgtactgtcgttttgtggtcctcttgtg--aaaagagaacttgttgactcttttgtaacatcgc-tcttgttcaatcatgcgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51343283|gb|CO984016.1|CO984016
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|192303892|gb|FG998244.1|FG998244
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|192294177|gb|FG986266.1|FG986266
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|20814775|gb|BQ299253.1|BQ299253
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTGATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|58018739|gb|CX705481.1|CX705481
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31306345|gb|CD391548.1|CD391548
EST:     AGCTGGAAAAACTCTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|8283483|gb|BE021042.1|BE021042
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31472227|gb|CD414255.1|CD414255
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|15204307|gb|BI427075.1|BI427075
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31468010|gb|CD410038.1|CD410038
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31312048|gb|CD397251.1|CD397251
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31462854|gb|CD404882.1|CD404882
EST:     TTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: TTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31467265|gb|CD409293.1|CD409293
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|192331704|gb|FK022806.1|FK022806
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|209724433|gb|BW666668.1|BW666668
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|8284792|gb|BE022351.1|BE022351
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|31311909|gb|CD397112.1|CD397112
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
EST: gi|192326679|gb|FK018521.1|FK018521
EST:     AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAG                         ATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG
genomic: AGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaag ... ttatttacagATGCAGTTCCTAGCTGGGACAACATTGTTATTGCATATGAACCTGTATGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGGTCTTGGAGTGATTGCATGCATTGGAGAATTGTTAGAAGAAAGGGAAGCTGGAAAAACTTTTGATGTTTGTTTTCAGCAATTGAAGGCTTATGCAGgtagtggaagttatgtttcttatataatccatttaaaattcgttttcttttgatttagaagaaacaaaaggggaaggatttggtggttgattgcattacatcgtttgccattatttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG