1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaagttttaaagttcaactggtgtttccaaccatttatctatgtgctagagtttctattgttagcttttaaaaagtgaaattttgatttgaattttggacctacttttcagCTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGTGACATTTTCAACTGCTGATGGAGCACTGGAGGCAGCTCCTGCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G36070.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCAATGGACAGAAGAAAAGCCTCTACGAGTTGCTACTGGTTTCACCTAC CTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGTGACATTTTCAEST: gi|192324072|gb|FK019363.1|FK019363
genomic: CTCAATGGACAGAAGAAAAGCCTCTACGAGTTGCTACTGGTTTCACCTACgtaagtttta ... tacttttcagCTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGTGACATTTTCA
EST: CTCAATGGACAGAAGAAAAGCCTCTACGAGTTGCTACTGGTTTCACCTAC CTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGTGACATTTTCAEST: gi|193623938|gb|FK572950.1|FK572950
genomic: CTCAATGGACAGAAGAAAAGCCTCTACGAGTTGCTACTGGTTTCACCTACgtaagtttta ... tacttttcagCTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGTGACATTTTCA
EST: CTCAATGGACAGAAGAAAAGCCTCTACGAGTTGCTACTGGTTTCACCTAT CTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGT
genomic: CTCAATGGACAGAAGAAAAGCCTCTACGAGTTGCTACTGGTTTCACCTACgtaagtttta ... tacttttcagCTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGT
attgttagcttttaaaaagtgaaattttgatttgaattttggacctacttttcagCTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGTGACATTTTCAACTGCTGATGGAGCACTGGAGGCAGCTCCTGCG
ttttgat putative branch site (score: 4)
cctacttttc putative PPT
ttttaaaaagtgaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttttaaagttcaactggtgtttccaaccatttatctatgtgctagagtttctattgttagcttttaaaaagtgaaattttgatttgaattttggacctacttttcagCTGGGGCCTAAATTTATGAAAGAGAATGGACTTAAGCATGTGACATTTTCAACTGCTGATGGAGCACTGGAGGCAGCTCCTGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC