Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttgtatcatggccgactttaagttgacaagttgcatattttcatatggataattatgatccatgaaatactttttaactgtgtctgatataaatgcagTTGCATTGTATGGAGAAAAATGGTAAACAGACAACAAGAATGGTTTCTTATTGTGCTTACCACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G17460.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37996740|gb|CF808329.1|CF808329
EST:     CCACTTATTTCCATGCTATGTGTGCATCAAGGGCTGGTTATCGGATGGAG                         TTGCATTGTATGGAGAAAAATGGTAAACAGACAACAAGAATGGTTTCTTAT
genomic: CCACTTATTTCCATGCTATGTGTGCATCAAGGGCTGGTTATCGGATGGAGgtgagtattc ... ataaatgcagTTGCATTGTATGGAGAAAAATGGTAAACAGACAACAAGAATGGTTTCTTAT
EST: gi|9204647|gb|BE330871.1|BE330871
EST:     CCACTTATTTCCATGCTATGTGTGCATCAAGGGCTGGTTATCGGATGGAG                         TTGCATTGTATGGAGAAAAATGGTAAACAGACAACAAGAATGGTTTCTTAT
genomic: CCACTTATTTCCATGCTATGTGTGCATCAAGGGCTGGTTATCGGATGGAGgtgagtattc ... ataaatgcagTTGCATTGTATGGAGAAAAATGGTAAACAGACAACAAGAATGGTTTCTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggataattatgatccatgaaatactttttaactgtgtctgatataaatgcagTTGCATTGTATGGAGAAAAATGGTAAACAGACAACAAGAATGGTTTCTTATTGTGCTTACCACAG
                  atgaaatactttttaa  TA-rich tract