Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgaaccaaaatagttgtatgacaaattgctcaatttttgtgtattattgttacccctgtactctcactaatggttatttgacatctcatcttactattttcttggttcatgtcaatacagTGTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G17460.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G17460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os01g46700.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 21
gtaagtgaaccaaaatagttgtatgacaaattgctcaatttttgtgtattattgttacccctgtactctcactaatggttatttgacatctcatcttactattttcttggttcatgtcaatacagTGTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAA
                                          |  | |||||   ||||||  || || ||||   | || |   | |    |      |||  | ||      | | | | ||||| |  || || ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||   |||| ||| | || || |||||||
-----------------------------------------gtaaggattatatatacccccctaatcccactctagtttctgaaatagtaaacgcgcatatgatgttttcgtgttttattgcagTGCACTCCAAACTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGGCATGACGAGAGCCGTATTGTCCTAATCGCCAAGAAAAATGTCTCTGCCGGCGAAGAGCTAA

upper sequence: GLYMA19G17460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: AT5G53430.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 21
gtaagtgaaccaaaatagttgtatgacaaattgctcaatttttgtgtattattgttacccctgtactctcactaatggttatttgacatctcatcttactattttcttggttcatgtcaatacagTGTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAA
                           ||    | ||  |   || ||| | |        ||    |  ||  ||     | |    ||  ||   ||     |  ||  |  |||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| || || || |||||   |||  || |  | || ||| |||
-------------------------gtaagcaaccca--tcaagtatataaataagttgagtgattaccaacagattagagtcttgagtcctat---acctaaatggtgtgttgtgt-gatgcagTGTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTAGGAGATGACGAAAGTCGGATTGTTCTGATTGCCAAGACCACTGTAGCTTCCTGCGAGGAGTTAA

upper sequence: GLYMA19G17460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv16s0098g00350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 22
gtaagtgaaccaaaatagttgtatgacaaattgctcaatttttgtgtattattgttacccctgtactctcactaatggttatttgacatctcatcttactattttcttggttcatgtcaatacagTGTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAA
                  |  ||  ||||||   ||        |  | |     | ||    | || | | | ||    ||||  |||     |  | ||| ||  |           | |||||||   ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| || || ||||||||  ||||  || |||| ||||||||||
-----------------ataatacaacaaatgattccccagacttaaactgaatctgccttattgctttaatttatatgcatttttcattaatccaaattatatttcta--------tgaaacagTGTGCCCCCAACTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTGGGTGACGATGAGAGCAGGATTGTTCTTATTGCTAAGACCAATGTCGCTGCTGGCGATGAGCTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actaatggttatttgacatctcatcttactattttcttggttcatgtcaatacagTGTATGCCCAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGTGATGATGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTGATGTGTCTACTGGTGATGAGCTAA
                         ttactatttt  TA-rich tract