Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATTATGGCTTTATGCGCCACCAGTTCCTACTATGACATCACTGAAGTTGCAACCCGGATTCTTCCTAATGTTGTTGTGCTCACAATTGATCCTGACAGgttatatctcactatgagcttgtattccttgtaattcctttaccatgtgaagatgaggaatatttcagcgacttaatttaccccattaattagtattttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47590.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G47590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv13s0067g03110.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GCATTATGGCTTTATGCGCCACCAGTTCCTACTATGACATCACTGAAGTTGCAACCCGGATTCTTCCTAATGTTGTTGTGCTCACAATTGATCCTGACAGgttatatctcactatgagcttgtattccttgtaattcctttaccatgtgaagatgagga-atatttcagcgacttaatttaccccattaattagtattttt---
|  ||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| | |   |      ||||   ||||  | |    ||   ||||     |   || |||  | | | |      |   |   ||   ||| | | ||   
GAGTTATGGCTTTATGTGCGACCAGTTCTTATTATGACATCACAGAGATTGCAACTCGGATTCTGCCAAATGTTGTTGTACTTACCATTGATCCTGACAGgttatcttttctttca---ttgt-cccctttcactgttgtttggatgtttctctcttgatatacataaacaaggatgctcctcttcttctatagcaatcttgat