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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaacctttttctctttgccctagattgttttactttcattattaagcaaaataataggggacaaagataatgggccattttctcatctccatgaaaaaaacgttttaccaatttctcatccctttttgtctttttttgttttctacaattttagaacccaacccccttatttctgttatttca

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G46830.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58022185|gb|CX708926.1|CX708926
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|6848327|gb|AW350617.1|AW350617
EST:     ATGGCATTAAAATNNGCAAGCTCNNGAGTGTACANNNTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTNTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGNCCATACC
genomic: AT-GCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|151406125|gb|EV275940.1|EV275940
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|192315950|gb|FK008833.1|FK008833
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGGGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|58025369|gb|CX712110.1|CX712110
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|151411748|gb|EV281559.1|EV281559
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|192331285|gb|FK023782.1|FK023782
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|33389737|gb|CA852944.1|CA852944
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|213587116|gb|DB959537.1|DB959537
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|192331284|gb|FK023781.1|FK023781
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|298185946|gb|HO031107.1|HO031107
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAG
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAG
EST: gi|298192058|gb|HO036140.1|HO036140
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCG
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCG
EST: gi|192301669|gb|FG997611.1|FG997611
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|6725773|gb|AW310172.1|AW310172
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAACACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|6566253|gb|AW233934.1|AW233934
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|209727899|gb|BW663413.1|BW663413
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|298197195|gb|HO041938.1|HO041938
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCG
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCG
EST: gi|21887980|gb|BQ741193.1|BQ741193
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|151398479|gb|EV268350.1|EV268350
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|58022451|gb|CX709192.1|CX709192
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|58017891|gb|CX704633.1|CX704633
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
EST: gi|57575865|gb|CX548836.1|CX548836
EST:     GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA                         GAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC
genomic: GATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaaccttt ... tgttatttcaGAGCCGCTTTGCTGATGCTTTACTCCGAGAGCTTGCCGGAGTGACCATACC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACAggtaacctttttctctttgccctagattgttttactttcattattaagcaaaataataggggacaaagataatgggccattttctcatctccatgaaaaaaacgttttaccaatttctcatccctttttgtctttttttgttttctacaattttagaacccaacccccttatttctgttatttca

- - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT