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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTGCCAAAGTGAGATGGCCTGGTTTGTTTGATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataaaatatatttgacttgacttagcttttgcttttatgaatttcatgcaactatactttggttttgctatgttggtggttttataatttgatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G46830.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209713411|gb|BW681466.1|BW681466
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|151406125|gb|EV275940.1|EV275940
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|4437055|gb|AI522920.1|AI522920
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|192315950|gb|FK008833.1|FK008833
EST:     GGATTATCGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|151411748|gb|EV281559.1|EV281559
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|209703963|gb|BW667953.1|BW667953
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|33389737|gb|CA852944.1|CA852944
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|213587116|gb|DB959537.1|DB959537
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|192331284|gb|FK023781.1|FK023781
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|298185946|gb|HO031107.1|HO031107
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|298192058|gb|HO036140.1|HO036140
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|192301669|gb|FG997611.1|FG997611
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|209727899|gb|BW663413.1|BW663413
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|298197195|gb|HO041938.1|HO041938
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|151398479|gb|EV268350.1|EV268350
EST:     GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
EST: gi|58017891|gb|CX704633.1|CX704633
EST:     GAT-GGGTGGATTCANCCACAGAAAATT-GATTATTGACCAGATGCACAC                         AGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT
genomic: GATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataa ... tttcgtgtcaGGTGCGACCAGTAGTGGAAACTGGATATGAAAACGTTTTACTTGTGAGATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GGCTGCCAAAGTGAGATGGCCTGGTTTGTTTGATGGGGTGGATTCAACCACAGAAAATTGGATTATTGACCAGATGCACACagtaaaataaaatatatttgacttgacttagcttttgcttttatgaatttcatgcaactatactttggttttgctatgttggtggttttataatttgatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
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