Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggggtcttgctgtattcctgttgactgaatattgacatcttataaatcattttatgaagtaatatttttctattattaattggcaatggtttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G46830.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58022185|gb|CX708926.1|CX708926
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCTAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|151406125|gb|EV275940.1|EV275940
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|192315950|gb|FK008833.1|FK008833
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGGGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|58025369|gb|CX712110.1|CX712110
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|151411748|gb|EV281559.1|EV281559
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|209703963|gb|BW667953.1|BW667953
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|33389737|gb|CA852944.1|CA852944
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|213587116|gb|DB959537.1|DB959537
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|192331284|gb|FK023781.1|FK023781
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|298185946|gb|HO031107.1|HO031107
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|298192058|gb|HO036140.1|HO036140
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|192301669|gb|FG997611.1|FG997611
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|6725773|gb|AW310172.1|AW310172
EST:     AGAGATGAATGGTTGAAGCAGGACTCTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|6566253|gb|AW233934.1|AW233934
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|209727899|gb|BW663413.1|BW663413
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|298197195|gb|HO041938.1|HO041938
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|21887980|gb|BQ741193.1|BQ741193
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|151398479|gb|EV268350.1|EV268350
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|58022451|gb|CX709192.1|CX709192
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCTAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|58017891|gb|CX704633.1|CX704633
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: gi|57575865|gb|CX548836.1|CX548836
EST:     AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG                         ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcattttatgaagtaatatttttctattattaattggcaatggtttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA
                            tattaat  putative branch site (score: 2)
                                            tttgtcttt  putative PPT
     tttatgaagtaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggggtcttgctgtattcctgttgactgaatattgacatcttataaatcattttatgaagtaatatttttctattattaattggcaatggtttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTACATTGTCACCACAAAACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - -tgctgta
- - - - - - - - - tgttgac
- - - - - - - - - - - - - - - - tgacatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcaatg