1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
AAGAATGGGATGAGAAGAGGGATGATCTGATAGATCTTTTTGGAAAGGTCAGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaatcaaacttcgtgacgggactaactttatatactttcaaacatactctttactgttagctaaaatttattgagactcaaaaatgatgtagtt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G46830.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCTAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|151406125|gb|EV275940.1|EV275940
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|192315950|gb|FK008833.1|FK008833
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGGGTGTAEST: gi|58025369|gb|CX712110.1|CX712110
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|151411748|gb|EV281559.1|EV281559
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|209703963|gb|BW667953.1|BW667953
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|33389737|gb|CA852944.1|CA852944
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|213587116|gb|DB959537.1|DB959537
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|192331284|gb|FK023781.1|FK023781
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|298185946|gb|HO031107.1|HO031107
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|298192058|gb|HO036140.1|HO036140
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|192301669|gb|FG997611.1|FG997611
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|6725773|gb|AW310172.1|AW310172
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGAAGCAGGACTCTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|6566253|gb|AW233934.1|AW233934
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|209727899|gb|BW663413.1|BW663413
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|298197195|gb|HO041938.1|HO041938
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|21887980|gb|BQ741193.1|BQ741193
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|151398479|gb|EV268350.1|EV268350
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|58022451|gb|CX709192.1|CX709192
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCTAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|58017891|gb|CX704633.1|CX704633
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTAEST: gi|57575865|gb|CX548836.1|CX548836
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
EST: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAG ATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
genomic: AGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaat ... ttgtctttagATTATATCCTGGTGTTTCTGATGCATTAAAATTTGCAAGCTCGAGAGTGTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGAATGGGATGAGAAGAGGGATGATCTGATAGATCTTTTTGGAAAGGTCAGAGATGAATGGTTGGAGCAGGATTTTGCTACTTGGATTGGTGCAAACAGgtagtccaatcaaacttcgtgacgggactaactttatatactttcaaacatactctttactgttagctaaaatttattgagactcaaaaatgatgtagtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG