Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATGGAATAATGATGAGCTTTCTACAGATGCTCTTCCAGTACATGGGTTTGAGCATTACAGGGCGAAGGACTATTCTCTTGCTCATGCTCCCTTCTCAGgttaacatatggtttgtgttgtttatgatgttttgaagcatattcagctatgttgaatatgctgtatttgatcagtgtgatataaatacctgcatggtgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08840.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G08840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g11880.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
ACATGGAATAATGATGAGCTTTCTACAGATGCTCTTCCAGTACATGGGTTTGAGCATTACAGGGCGAAGGACTATTCTCTTGCTCATGCTCCCTTCTCAGgttaacatatggtttgtgttgtttatgatgttttgaagcatatt--cagctatgttgaatatgctgtatttgatcagtgtgatataaatacctgcatggtgg--
 ||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||  | ||||| | ||||||||| | ||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |   |||   |||| | || |   ||  |  |    | ||  |  ||    ||||  |  | || |  |  | | | ||    |||  |  |        
TCATGGAAAAATGATGAACTTACCACAGATGCTCTTCCTATTCATGGTTATGAGCATTATAAGGCAAAGGATTATGCTCTTGCTCATGCTCCTTTCTCAGgttta---atgaaatgtgct-ttaacagtgaatgaacttctcttttcttcttcactgaaacttttctaatgaaggaattttattgttatatttttaccacccag

upper sequence: GLYMA12G08840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G040247_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ACATGGAATAATGATGAGCTTTCTACAGATGCTCTTCCAGTACATGGGTTTGAGCATTACAGGGCGAAGGACTATTCTCTTGCTCATGCTCCCTTCTCAGgttaacatatggtttgtgttgtttatgatgttttgaagcatattcagctatgttgaatatgctgtatttgatcagtgtgatataaatacct-gcatggtgg-----
 ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||| | ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||| |   || | ||||| | |     |   |  |  |||| |       | ||||  |     | | | || |  |     | | |  || |    ||       
TCATGGAAAAATGATGAGCTTACTACAGATGCTCTGCCTATTCATGGTTATGAGCATTACAAGGCAAAGGACTATGCTCTTGCACATGCACCTTTCTCAGgttta---attgattgtgctct-----aacatcagtggcatttcttttcttattgatgagaacttttctaatgaaggaaccctgattctcttgtcctgtcattcag

upper sequence: GLYMA12G08840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G08190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
ACATGGAATAATGATGAGCTTTCTACAGATGCTCTTCCAGTACATGGGTTTGAGCATTACAGGGCGAAGGACTATTCTCTTGCTCATGCTCCCTTCTCAGgttaacatatggtttgtgttgtttatgatgttttgaagcatattcagc-tatgttgaatatgctgtatttgatcagtgtgatataaatacctgcatggtgg
 ||||||| |||||||| ||  | |  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |  | ||   |||    ||   |  | || |   | |     ||| ||||||  | || || || | |   | | |||| | | |             
TCATGGAACAATGATGAACTCACAATGGATGCTCTTCCTGTACACGGCTTTGAGCATTACAAGGCGAAAGACTATTCCCTTGCTCATGCTCCTTTCCCAGgtcag-agatttgttggaaagtagtttgttttctaggggaaggaaagcatatgtttga-atact-tactcggaaaat-tgatgtgagtgtag---------

upper sequence: GLYMA12G08840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv15s0024g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
-------------------------------------------------------------ACATGGAATAATGATGAGCTTTCTACAGATGCTCTTCCAGTACATGGGTTTGAGCATTACAGGGCGAAGGACTATTCTCTTGCTCATGCTCCCTTCTCAGgttaacatatggtttgtgttgtttatgatgttttgaagcatattcagctatgttgaatatgctgtatttgatcagtgtgatataaatacctgcatggtgg
                                                             ||||||||||||||| ||||| | ||||||||  | || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| ||||||||  |||||||                                                                                                    
ATTTAGCAGCACCATTCCATCACGCCAGGGAAATGCGCAAAGACCTGAAGTACGCATAGTCACATGGAATAATGATCAGCTTGCGACAGATGCCTTGCCTgtacatggctttgagcattacaaggcaaaggattattcccttggtcatgctcttttctcag----------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA12G08840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0061g00940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ACATGGAATAATGATGAGCTTTCTACAGATGCTCTTCCAGTACATGGGTTTGAGCATTACAGGGCGAAGGACTATTCTCTTGCTCATGCTCCCTTCTCAGgttaacatatggtttgtgttgtttatgatgttttgaagcatattcagctatgttgaatatgctgtatttg-atcagtgtgatataaatacctgcatggtgg
||||||||||||||||||||| | ||||||||  | || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||  ||     |   || |||  ||||   ||| ||  || | | ||   |  ||| |||| | | | ||    |  |         
ACATGGAATAATGATGAGCTTGCGACAGATGCCTTGCCTGTACATGGCTTTGAGCATTACAAGGCAAAGGACTATTCCCTTGCTCATGCTCCTTTCTCAGgtaaacatat--tttgctttcaaacttcagtcttgt-gcatgaacagata-attaactctgaaatcattgtatcacttttacatttgaatatag-------