Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGGTGTCACCATTGCTCGCGCAATCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtgaatgttatggttgttttgttgtttgtgtaatagtgactggtttttttttttttttttgcatactgatggtgttttgaacttgtgtgtggaaaaatgttaaataaggttgctagtaagactaattaatgactctgcaaatgtttaattaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08310.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15286372|gb|BI470263.1|BI470263
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|213611560|gb|DB960840.1|DB960840
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGATTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|209705971|gb|BW661788.1|BW661788
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|209722984|gb|BW668826.1|BW668826
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|213587043|gb|DB965873.1|DB965873
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|213588514|gb|DB961631.1|DB961631
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|209697442|gb|BW667088.1|BW667088
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|19052751|gb|BM731418.1|BM731418
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|209700917|gb|BW683121.1|BW683121
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|213590374|gb|DB963895.1|DB963895
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|209700191|gb|BW653009.1|BW653009
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|213590183|gb|DB970051.1|DB970051
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|16282250|gb|BI944915.1|BI944915
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|7924992|gb|AW831018.1|AW831018
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|213603734|gb|DB966834.1|DB966834
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|26058748|gb|CA801662.1|CA801662
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
EST: gi|213602553|gb|DB956573.1|DB956573
EST:     TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAG                         GTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG
genomic: TCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtga ... tttaattaagGTTGCTAGCAAGACTAACGACTCTGCGGGTGATGGGACTACCACGGCTTCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGGTGTCACCATTGCTCGCGCAATCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGCTGGTGCAGCTCTTATCAGAGAGgttggtgtgaatgttatggttgttttgttgtttgtgtaatagtgactggtttttttttttttttttgcatactgatggtgttttgaacttgtgtgtggaaaaatgttaaataaggttgctagtaagactaattaatgactctgcaaatgtttaattaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC