1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TCCGCCAAAGAGATTGCCTTTGACCAGCATTCCCGCTCTGCTATGCAGGCCGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggcttttttgcatttctagatttgttttgtttttttaacattgagattaaacaataaacaatacttagcaattaacaattacttgcaatgttttcctttttttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G08310.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213611560|gb|DB960840.1|DB960840
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|209705971|gb|BW661788.1|BW661788
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|209722984|gb|BW668826.1|BW668826
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213587043|gb|DB965873.1|DB965873
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213588514|gb|DB961631.1|DB961631
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|209712583|gb|BW653728.1|BW653728
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|209697442|gb|BW667088.1|BW667088
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|19052751|gb|BM731418.1|BM731418
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213600978|gb|DB968858.1|DB968858
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|209700917|gb|BW683121.1|BW683121
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213590374|gb|DB963895.1|DB963895
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|209700191|gb|BW653009.1|BW653009
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213590183|gb|DB970051.1|DB970051
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|7924992|gb|AW831018.1|AW831018
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213603734|gb|DB966834.1|DB966834
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|209709534|gb|BW681224.1|BW681224
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|208199003|gb|GD995002.1|GD995002
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|26058748|gb|CA801662.1|CA801662
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGEST: gi|213602553|gb|DB956573.1|DB956573
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCCGCCAAAGAGATTGCCTTTGACCAGCATTCCCGCTCTGCTATGCAGGCCGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggcttttttgcatttctagatttgttttgtttttttaacattgagattaaacaataaacaatacttagcaattaacaattacttgcaatgttttcctttttttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT