Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggcttttttgcatttctagatttgttttgtttttttaacattgagattaaacaataaacaatacttagcaattaacaattacttgcaatgttttcctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGGTGTCACCATTGCTCGCGCAATCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08310.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15286372|gb|BI470263.1|BI470263
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213611560|gb|DB960840.1|DB960840
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|209705971|gb|BW661788.1|BW661788
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|209722984|gb|BW668826.1|BW668826
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213587043|gb|DB965873.1|DB965873
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213588514|gb|DB961631.1|DB961631
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|209712583|gb|BW653728.1|BW653728
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|209697442|gb|BW667088.1|BW667088
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|19052751|gb|BM731418.1|BM731418
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213600978|gb|DB968858.1|DB968858
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|209700917|gb|BW683121.1|BW683121
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213590374|gb|DB963895.1|DB963895
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|209700191|gb|BW653009.1|BW653009
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213590183|gb|DB970051.1|DB970051
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|7924992|gb|AW831018.1|AW831018
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213603734|gb|DB966834.1|DB966834
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|209709534|gb|BW681224.1|BW681224
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|208199003|gb|GD995002.1|GD995002
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|26058748|gb|CA801662.1|CA801662
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
EST: gi|213602553|gb|DB956573.1|DB956573
EST:     CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAG                         GGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG
genomic: CGGCATTGACAAGCTCGCCGACGCTGTTGGGCTCACTCTTGGGCCCAGAGgtgggctttt ... ctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaataaacaatacttagcaattaacaattacttgcaatgttttcctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGGTGTCACCATTGCTCGCGCAATCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGC
                   aattaac  putative branch site (score: 2)
                                      tgttttccttttttt  putative PPT
                   aattaacaattactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgggcttttttgcatttctagatttgttttgtttttttaacattgagattaaacaataaacaatacttagcaattaacaattacttgcaatgttttcctttttttagGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCTAAAGTGGTCAACGATGGTGTCACCATTGCTCGCGCAATCGAGCTTCCCGATCCTATGGAGAATGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA