Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGGCTGAATGGAATGGGAAATATCGTGATGATGTACGGAAATTTATTAAGgtaattctaagagactaatagtaacaagatacataacttaaattgatcatttgatccagattgtctgacctctcttttggtttgttaggtactataattt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G10540.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G10540.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv18s0001g06520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
GTGGGCTGAATGGAATGGGAAATATCGTGATGATGTACGGAAATTTATTAAGgtaattctaagagactaatagtaacaagatacataacttaaattgatcatttgatccagattgtctgacc-tctcttttggtttgttaggtactataattt-
||||||||||||||||||||| || ||||||||  |  | | |||||| ||||| ||  |||       | | |    || ||       |   ||||    ||| | ||  |||  |     | ||||| |  | | || |  ||| |||   
GTGGGCTGAATGGAATGGGAAGTACCGTGATGACCTTAGAAGATTTATAAAGgtgatgataatgagaggaaaatccttagttattatgggtctgttgaaagattg-ttcactttgcttagtagtatctttagagtcgatatggccta-aatgag