Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTTCCATTGGGGGTATCAGAAGTTGACAGTGGCATCAATTTTGCTATTTTTTCACAAAATGCAACTGCTGTCACACTTTGTTTAGTCCTTCCTGAGAGgtaaatttagatattctttatgcaatattatattagttcaaactttaaaatatttcatggaattaaaagatgtatatatttgaaagatgtattttgttta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G10540.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G10540.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv18s0001g06520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CATTTCCATTGGGGGTATCAGAAGTTGACAGTGGCATCAATTTTGCTATTTTTTCACAAAATGCAACTGCTGTCACACTTTGTTTAGTCCTTCCTGAGAGgtaaatttagatattctttatgcaatattatattagttcaaactttaa----aatatttcatggaattaaaagatgt----atatatttgaaagatgtattttgttta
|||||||| | || |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||  ||   ||||| ||| | |||||  | |||| |   || ||  ||| | ||     ||  || |  || |   | ||    ||| |||||  |    ||||| | |    | |||||   ||||| | |        
CATTTCCACTAGGAGTATCAGAAGTTGAGAATGGGATCAACTTTGCTATTTTTTCACAACATGCGACTGCAATCGTGCTTTGCTTATTTCTTCCCCAAAGgtcataataaattctctctttgatcagttggataaaatctattgtgaatgtgaatgtttcaatgttacaaaagtttttgtaacatattaacaagattttt--------