Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcagaacaatttctttcaccaaaatatgcctttagggtaatttttaatggatttctgactttgttccctgccattgcagTTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTTTCATGCATTTTGGCAGTGTCTTTTGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0048S00320.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58015381|gb|CX702123.1|CX702123
EST:     TCACAAAGCAAAGAAAATGCTCGATTTATGAATATTCACCTTGAATATAC                         TTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT
genomic: TCACAAAGCAAAGAAAATGCTCGATTTATGAATATTCACCTTGAATATACgtgagtcaga ... gccattgcagTTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT
EST: gi|58015722|gb|CX702464.1|CX702464
EST:     TCACAAAGCAAAGAAAATGCTCGATTTATGAATATTCACCTTGAATATAC                         TTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT
genomic: TCACAAAGCAAAGAAAATGCTCGATTTATGAATATTCACCTTGAATATACgtgagtcaga ... gccattgcagTTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT
EST: gi|207746092|gb|GD717818.1|GD717818
EST:     TCACAAAGCAAAGAAAATGCTCGATTTATGAATATTCACCTTGAATATAC                         TTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT
genomic: TCACAAAGCAAAGAAAATGCTCGATTTATGAATATTCACCTTGAATATACgtgagtcaga ... gccattgcagTTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT
EST: gi|208168294|gb|GD972624.1|GD972624
EST:     CGATTTATGAATATTCACCTTGAATATAC                         TTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT
genomic: CGATTTATGAATATTCACCTTGAATATACgtgagtcaga ... gccattgcagTTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcctttagggtaatttttaatggatttctgactttgttccctgccattgcagTTCAGGTGGTCGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTATGAGATGATGATCTTTTCATGCATTTTGGCAGTGTCTTTTGATCGTATGTGAAAGAGTCTGTTAT
                            ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                  ctttgttccctgcc  CT-rich tract
             taatttttaatggatt  TA-rich tract