Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGCCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTTCCGCTTCCTGGACTACTATGTGCGGgtgaggaagtttcctcgtgttcgcgtgcaaattaaagtcagagcttcaagctgtggtgtggcaactctttaatgtaccagaggctcgggcgcctgtactgattgtcggctacaccatgtcccaaccgttgggctgtccttctgcccgcccgcctttccctacag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP09496
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6547514|gb|AV393298.1|AV393298
EST:     CCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTTCCGCTTCCTGGACTACTATGTGCGG                         CTGTCCTCCAACATGCAAATCGGCGGCATGCGCTACGGCGGCAACACCAAG
genomic: CCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTTCCGCTTCCTGGACTACTATGTGCGGgtgaggaagt ... ttccctacagCTGTCCTCCAACATGCAAATCGGCGGCATGCGCTACGGCGGCAACACCAAG
EST: gi|15697756|gb|BI722061.1|BI722061
EST:     CCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTTCCGCTTCCTGGACTACTATGTGCGG                         CTGTCCTCCAACATGCAAATCGGCGGCATGCGCTACGGCGGCAACACCAAG
genomic: CCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTTCCGCTTCCTGGACTACTATGTGCGGgtgaggaagt ... ttccctacagCTGTCCTCCAACATGCAAATCGGCGGCATGCGCTACGGCGGCAACACCAAG