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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttaattgggttctacaacctggggaatctttttctttcttttcattttcaccttggatgttcgatttattgtgaagccacttttctatagGTTACTGAAGTCTACTCAAGGGAGCTAAAAGGTGCTATATCAGCTGTAGCCTCCATTCAGGGTCATCTTCTAATATCATCTGGTCCTAAAATCATCTTGC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G51660.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G51660.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 22
lower sequence: LOC_Os04g18010.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
gta-tgtttaattgggtt-ctacaacctggggaatctttttctttcttttcattttcaccttggatgttcgatttattgtgaagccacttttctatagGTTACTGAAGTCTACTCAAGGGAGCTAAAAGGTGCTATATCAGCTGTAGCCTCCATTCAGGGTCATCTTCTAATATCATCTGGTCCTAAAATCATCTTGC
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gtactgtgagggagcattattgcaattgggaaaaaggttattacttccgttacgtatcgattga---tttgataacatgtaaa--cactaat-tgcagGTCACTGAAGTCTACTCAAAAGAGAGTAAAGGTGCTGTATCAGCTGTTGCGTCTCTTCAAGGTCATCTGCTGATAGCTTCTGGTCCTAAGATCACATTAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttttcattttcaccttggatgttcgatttattgtgaagccacttttctatagGTTACTGAAGTCTACTCAAGGGAGCTAAAAGGTGCTATATCAGCTGTAGCCTCCATTCAGGGTCATCTTCTAATATCATCTGGTCCTAAAATCATCTTGC
                                         ccacttttct  CT-rich tract
                            atttattgt  TA-rich tract