Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatattctctcgtagagatgattttgtgttcttgtgttttaaagaactgaagcactgattagtatgaattcaatctgttaaaatttttggtttttctgaatcaatttcgttcatttcatgctatcacttttcagCTGTGCGACGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGCAATCACGGGTTCATATATGTCACAGCACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G51660.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125072964|gb|EL137470.1|EL137470
EST:     AGAGCGACTACGATTTCATTCACAG                         CTGTGCGACGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGC
genomic: AGAGCGACTACGATTTCATTCACAGgtatgatatt ... cacttttcagCTGTGCGACGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaatttttggtttttctgaatcaatttcgttcatttcatgctatcacttttcagCTGTGCGACGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGCAATCACGGGTTCATATATGTCACAGCACAG
                                            tcacttttc  CT-rich tract
                   aatcaattt  TA-rich tract