Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgattcttctatgtgttcctcttttcctcctattttttgtcattatcgcactacgtaccttgagagtaaatctgtatcattctctttcagCTATGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCATCTATACAGGTTCTACCGTGATGCAGTCGTCCAACAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G12010.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86073259|gb|DR369016.1|DR369016
EST:     TCAAACAGTAAACCTATTCTCTCTGCTGGAGATCTCCACTTAGTCACTGT                         CTATGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCA
genomic: TCAAACAGTAAACCTATTCTCTCTGCTGGAGATCTCCACTTAGTCACTGTgtatgattct ... tctctttcagCTATGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCA
EST: gi|125299300|gb|EL313385.1|EL313385
EST:     CTGGAGATCTCCACTTAGTCACTGT                         CTATGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCA
genomic: CTGGAGATCTCCACTTAGTCACTGTgtatgattct ... tctctttcagCTATGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtcattatcgcactacgtaccttgagagtaaatctgtatcattctctttcagCTATGGCCGAATATATTGCTTACAAGTGGACAGGGAGGCAATGCTACTGCATCTATACAGGTTCTACCGTGATGCAGTCGTCCAACAA
                                       tatcattctctttc  CT-rich tract
                             agtaaat  TA-rich tract