Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgtatccaaatataatttgattttggttttgctatctttcacatttatacattctgagcttgtgttgttgtggtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACCTGGAAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G43750.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116392152|gb|EG434744.1|EG434744
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|86040118|gb|DR335873.1|DR335873
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|86040140|gb|DR335895.1|DR335895
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGG
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGG
EST: gi|86040117|gb|DR335872.1|DR335872
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTA
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTA
EST: gi|86040134|gb|DR335889.1|DR335889
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGG
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGG
EST: gi|86040127|gb|DR335882.1|DR335882
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGAT
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGAT
EST: gi|86040112|gb|DR335867.1|DR335867
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|124806000|gb|EH893079.1|EH893079
EST:     GGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GTATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACAC
genomic: GGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagG-ATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACAC
EST: gi|86040141|gb|DR335896.1|DR335896
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTATAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|86040122|gb|DR335877.1|DR335877
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGNAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|86040133|gb|DR335888.1|DR335888
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|86040115|gb|DR335870.1|DR335870
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTA
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTA
EST: gi|86040125|gb|DR335880.1|DR335880
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATG
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATG
EST: gi|86040120|gb|DR335875.1|DR335875
EST:     GTTGCTGCTAAS-TTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTATAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTT
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTT
EST: gi|86040124|gb|DR335879.1|DR335879
EST:     GTTGCTGCTAASCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTATAGTATGATTACTGATGCTG
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTG
EST: gi|125107860|gb|EL161009.1|EL161009
EST:     CTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTAACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATA
genomic: CTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTA-CTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATA
EST: gi|86040126|gb|DR335881.1|DR335881
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATT
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATT
EST: gi|86040137|gb|DR335892.1|DR335892
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAG
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAG
EST: gi|86040128|gb|DR335883.1|DR335883
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGNTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTTATAA
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTT-ATAA
EST: gi|125198661|gb|EL213615.1|EL213615
EST:     AGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: AGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|86040121|gb|DR335876.1|DR335876
EST:     GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
EST: gi|86040123|gb|DR335878.1|DR335878
EST:     GTTGCTGCTAAS-TTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAG                         GATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC
genomic: GTTGCTGCTAAGCTTGAGATCATGGAACCATGTTGCAGTGTCAAGGATAGgtttgtgtat ... gtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgctatctttcacatttatacattctgagcttgtgttgttgtggtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACCTGGAAAG
               atttatacatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtgtatccaaatataatttgattttggttttgctatctttcacatttatacattctgagcttgtgttgttgtggtgatttcagGATTGGGTACAGTATGATTACTGATGCTGAAGAGAAAGGACTTATAACACCTGGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA