1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GCTCAAGAGACAGAGCCGGAGTGATGTTGTGTGCAAGGCTGTATCTATCAAGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAGgttagattgtgtttcgtttgcatttggatagagacagaggaaatctaaattggtgatcaattttgtcaatttaggggaagatataaactaactgagtattattagtcttgtaaatttgacttctttgaattttgatttcgtttctaatttttttatattctttctgaatgttatgaattgattcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G43750.2 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
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EST: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAG CTTATTGGGAAAACTCCGATGGTGTACTTGAACAATGTAGTCAAGGGCTGTEST: gi|125130899|gb|EL173840.1|EL173840
genomic: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAGgttagattgt ... attgattcagCTTATTGGGAAAACTCCGATGGTGTACTTGAACAATGTAGTCAAGGGCTGT
EST: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAG CTTATTGGGAAAACTEST: gi|86040126|gb|DR335881.1|DR335881
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EST: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAG CTTATTGGGAAAACTCCGATGGTGTACTTGAACAATGTAGTCAAGGGCTGTEST: gi|86040128|gb|DR335883.1|DR335883
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EST: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAG CTTATTG--AAAACTCCGATGGTGTACTTGAACAATGTAGTCAAGGGCTGTEST: gi|86040123|gb|DR335878.1|DR335878
genomic: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAGgttagattgt ... attgattcagCTTATTGGGAAAACTCCGATGGTGTACTTGAACAATGTAGTCAAGGGCTGT
EST: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAG CTTATTGGGAAAACTCCGATGGTGTACTTGAACAATGTAGTCAAGGGCTGTEST: gi|86040113|gb|DR335868.1|DR335868
genomic: AGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAGgttagattgt ... attgattcagCTTATTGGGAAAACTCCGATGGTGTACTTGAACAATGTAGTCAAGGGCTGT
EST: GCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCCGCCGATAACGCCGCTCAG CTTATTGGGAAAACTCCGATGG
genomic: GCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATC-GCCGATAACGCCGCTCAGgttagattgt ... attgattcagCTTATTGGGAAAACTCCGATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTCAAGAGACAGAGCCGGAGTGATGTTGTGTGCAAGGCTGTATCTATCAAGCCAGAAGCTGGTGTTGAAGGGCTCAATATCGCCGATAACGCCGCTCAGgttagattgtgtttcgtttgcatttggatagagacagaggaaatctaaattggtgatcaattttgtcaatttaggggaagatataaactaactgagtattattagtcttgtaaatttgacttctttgaattttgatttcgtttctaatttttttatattctttctgaatgttatgaattgattcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG