Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAGgtatgttttgtgggattaactctggatattttttaaggtgaaaaatggttgatgaatagtatttatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G858094_T01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G858094_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os05g22940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
AAAACAGTAACCACCAATGCAGCCACTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAGgta-tgttttgtgggattaac-tctggatattttttaaggtgaaaaatggttgatgaatagtatttatatgcag
|||||||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||    | |   | || ||  | ||| |     ||||   ||||  |  | |  || | |||||
AAAACAGTAACTGCCAACACGGCCACTGTTTCTGATTATGTTGGTTATCTTACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAGgtactattctgttttttcaggatatgaatgctgtttgaatgtgaaaaccattgaccataaatccttgtttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932926|gb|CF037738.1|CF037738
EST:     CTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCCCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAG                         CATATATCCCTTGTCAATTCTACAGTTAATTTGAATATAGAAGGGAGCAAA
genomic: CTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAGgtatgttttg ... ttatatgcagCATATATCCCTTGTCAATTCTACAGTTAATTTGAATATAGAAGGGAGCAAA
EST: gi|32933506|gb|CF038318.1|CF038318
EST:     CTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCCCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAG                         CATATATCCCTTGTCAATTCTACAGTTAATTTGAATATAGAAGGGAGCAAA
genomic: CTGTTTCTGAATATGTTAGTTATCTCACCAAGGGCCAGATTCCACCAAAGgtatgttttg ... ttatatgcagCATATATCCCTTGTCAATTCTACAGTTAATTTGAATATAGAAGGGAGCAAA