Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtcacacggctgggctgggggaaggatggctagtccagggcgggccgaaatggggcctacccttcacgtgtcgcgccatgcaagcacctgggctcagaaccttagggcaccgctgtcctattccgtctgctgtaatcccccatctgatggcattggtcttatgcaatggtccgtgcacagGTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGCCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTTCCGCTTCCTGGACTACTATGTGCGG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP09496
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|49468810|gb|BP096671.1|BP096671
EST:     GCCGCCGCCGTCGGTGCTGTCACCGCCATGCAGGCGTGGGAGTACATATG                         GTACACGGGTGTT-ACACGGATGGTGC
genomic: GCCGCCGCCGTCGGTGCTGTCACCGCCATGCAGGCGTGGGAGTACATATGgtgcgtcaca ... ccgtgcacagGTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGC
EST: gi|15697756|gb|BI722061.1|BI722061
EST:     GCCGCCGCCGTCGGTGCTGTCACCGCCATGCAGGCGTGGGAGTACATATG                         GTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGCCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTT
genomic: GCCGCCGCCGTCGGTGCTGTCACCGCCATGCAGGCGTGGGAGTACATATGgtgcgtcaca ... ccgtgcacagGTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGCCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTT
EST: gi|6549961|gb|AV395745.1|AV395745
EST:     GCCGCCGCCGTCGGTGCTGTCACCGCCATGCAGGCGTGGGAGTACATATG                         GTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGCCTTCGACAACTTT
genomic: GCCGCCGCCGTCGGTGCTGTCACCGCCATGCAGGCGTGGGAGTACATATGgtgcgtcaca ... ccgtgcacagGTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGCCTTCGACAACTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgctgtaatcccccatctgatggcattggtcttatgcaatggtccgtgcacagGTACACGGGTGTTTACACGGATGGTGCCTTCGACAACTTTGATCCCAGCTTCCGCTTCCTGGACTACTATGTGCGG
                atctgat  putative branch site (score: 4)