Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattggaatgtatctcggcacttttcttttgactactagaaagcagtggattgtctgttcctggagatagttgctatcacttttgttcttatcaattttatgtgatcttgctgcctcatttatctcgcgttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAATGCAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G540403_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G540403_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g15860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtaattggaatgtatctcggcacttttcttttgacta--ctagaaagcagtggattgtctgttcctgga---gatagttgcta--tcacttttgttcttatcaattt-tatgtgatcttgctgcctcatttatctcgcgttttttgt--agCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAATGCAA
|||||   | | |   |  ||   |  | || |  ||  ||   | ||| ||  |||||| || || |    ||||||||  |  ||| | |||||||||    |||   | ||||       | ||  |  | | |  || ||||   || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||
gtaatcctattttgcttgtgcgtctgccattggcttatgctgttatgcattgtgttgtctttttctcggtatgatagttgtaagctcattcttgttcttaatggtttacttatgatgaacaaccttcggtgctgttgttttgtttgcgcagATGTGTTAATGTACTTCTCACAAACCCAATTTGGGTAATTGTTACACGAATGCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78112113|gb|DV530509.1|DV530509
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         GTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTTGT-GTTACACGAA
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTT-GTTGTTACACGAA
EST: gi|149071944|gb|EE160331.2|EE160331
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|78120502|gb|DV538886.1|DV538886
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|88756340|gb|DY540481.1|DY540481
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|148952677|gb|EC898511.2|EC898511
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|91877627|gb|EB407584.1|EB407584
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|60340184|gb|DN207157.1|DN207157
EST:     TGTCGGGATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGGAT
genomic: TGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|71766550|gb|DR964487.1|DR964487
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|148964459|gb|EC905815.2|EC905815
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|76936044|gb|DV174582.1|DV174582
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|148957275|gb|EC903307.2|EC903307
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|149027549|gb|EE046558.2|EE046558
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|149013466|gb|EE042980.2|EE042980
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|32868675|gb|CF008357.1|CF008357
EST:     GATGGGTCTGTCGGGATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGGAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|71422924|gb|DR805897.1|DR805897
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|71448089|gb|DR829139.1|DR829139
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
EST: gi|91051844|gb|EB162262.1|EB162262
EST:     GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGG                         CTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT
genomic: GATGGGTCTGTCGGCATGCTCCAGTCTCTCACTGTCGCTGCCCTGTCTGGgtaattggaa ... ttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcttatcaattttatgtgatcttgctgcctcatttatctcgcgttttttgtagCTGTGTCAATGTACTGCTCACAAACCCGATTTGGGTTGTTGTTACACGAATGCAA
                                           cgtttttt  CT-rich tract
     tatcaattttatgt  TA-rich tract