Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agttgatggacctagatgacacctccttaaaaaatttaatggacctatggtgcattttaatcttttgttgatcgactatactcaatgttgaactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTTCTTCCTCGCAACATTGACCTAAACCAATTGGCGGACATGTCCTTGTCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G347808_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G347808_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os03g27930.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
agttgatggacctagatgacacctccttaaaaaatttaatggacctatggtgcattttaatcttttgttgatcgactatactcaatgttgaactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTTCTTCCTCGCAACATTGACCTAAACCAATTGGCGGACATGTCCTTGTCT
              | |    ||| |||  | | |  | |     ||| || |  || |  |   ||||||    || |  |     ||    | || ||||| ||||| |||||||| || ||    || ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||| | |||| 
--------------gttagttccttcttccagagt--agtctgtttatcgttccattca--cagatgttgacaagctctggttggattt----ttttcagGTATTCTCTCTTTAAACTTGGTACATCAATCGCTTCGAGGGTGGTGATGTTTCTTCCTCGTAACATTGACCAAAATCAATTGGCAGACATGTGCCTGTCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211497012|gb|FK959681.1|FK959681
EST:     GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: gi|76015415|gb|DT942585.1|DT942585
EST:     GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: gi|211494134|gb|FK959680.1|FK959680
EST:     GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: gi|71762989|gb|DR960926.1|DR960926
EST:     GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: gi|76020625|gb|DT947795.1|DT947795
EST:     GTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: GTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: gi|60394235|gb|DN227105.1|DN227105
EST:     GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
EST: gi|211494133|gb|FK959679.1|FK959679
EST:     GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAG
genomic: GCCAAAGTTGATGTTTATGATATGAAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAG
EST: gi|76020624|gb|DT947794.1|DT947794
EST:     AAAAGCATGC-TATTTCTTGGGATGG                         GTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT
genomic: AAAAGCATGCTTATTCCTTGTGATGGgttagttcct ... aactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggtgcattttaatcttttgttgatcgactatactcaatgttgaactctttagGTACTCTCTTTTTAAACTCGGAACCATGATAGCTTCAAGAGTAGTGATGTTTCTTCCTCGCAACATTGACCTAAACCAATTGGCGGACATGTCCTTGTCT
                                               ctcttt  CT-rich tract
        attttaatcttttgtt  TA-rich tract