1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaaatgaggtcccactgaactgtaactctgcaggcactttaatgcttgatctcattgagtctaccaatttgaaaactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTCATGCATTGGAGGGATGGAACGAGCATGAGTGTGGGGACATCGTGCTAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G066578_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCTGCAATGGTTGTGCCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|76018387|gb|DT945557.1|DT945557
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACCCTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|84970225|gb|DW468575.1|DW468575
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|211362136|gb|FL332732.1|FL332732
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|6827258|gb|AW330901.1|AW330901
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|78091932|gb|DV520306.1|DV520306
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|211355369|gb|FL034995.1|FL034995
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTGCCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|211355370|gb|FL034996.1|FL034996
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTGCCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTEST: gi|78180792|gb|DV551165.1|DV551165
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|89757800|gb|DY687246.1|DY687246
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTEST: gi|78179861|gb|DV550234.1|DV550234
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
EST: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAG AATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
genomic: CTCCTGCAATGGTTGTACCTAAAACACTACAGAATGTGCACTCCTGTGAGgtaaatgagg ... aactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTT
tgcaggcactttaatgcttgatctcattgagtctaccaatttgaaaactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTCATGCATTGGAGGGATGGAACGAGCATGAGTGTGGGGACATCGTGCTAG
aatttgaaaacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatgaggtcccactgaactgtaactctgcaggcactttaatgcttgatctcattgagtctaccaatttgaaaactttgcagAATTGGCTGCCAAGGAGGGTCATGAGTGCATGGCGCATTGCTGGAATGGTTCATGCATTGGAGGGATGGAACGAGCATGAGTGTGGGGACATCGTGCTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA