Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagaacgggggactggtctgaattttagtgaggatctttttgggggttcttgctactgatggatcacttctaatttatttgactccttttctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGCCAATC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017835_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31355100|gb|CD439457.1|CD439457
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|22819487|gb|BU499577.1|BU499577
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|76015692|gb|DT942862.1|DT942862
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|76285882|gb|DV025450.1|DV025450
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|32832258|gb|CD971936.1|CD971936
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|87156608|gb|DY401397.1|DY401397
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|6587599|gb|AW244917.1|AW244917
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|148939514|gb|EC884102.2|EC884102
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|26559748|gb|CA831983.1|CA831983
EST:     ACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: ACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|32832300|gb|CD971978.1|CD971978
EST:     GTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|148988749|gb|EE031658.2|EE031658
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|60345255|gb|DN212228.1|DN212228
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|32835538|gb|CD975216.1|CD975216
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
EST: gi|32835900|gb|CD975578.1|CD975578
EST:     GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATG                         ATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC
genomic: GCGTGCCCAAGGTGCATTATAAAGGTCGTCAGGGTGACTACTATGTCATGgtaccattct ... ctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcttgctactgatggatcacttctaatttatttgactccttttctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGCCAATC
                                tttgactccttttctg  CT-rich tract
                    acttctaatttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gagaacgggggactggtctgaattttagtgaggatctttttgggggttcttgctactgatggatcacttctaatttatttgactccttttctgtctccagATTATGGATATGCTGGGGCCTAGTTTGTGGGATTCATGGAATTCATTAGGCCAATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - tctgaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctactg