Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacacttgattagcacttgaaatttactaggctgtaaagtttgttctcaagataatgattaccatcttcttcttaaacagAGGACAATGGTCCTGTTTATCCATCTATAGTCGCATTTGAGAGCAGTGCCTTGAGGCTAACGTTCAACTTCTCCAAGACACCTGCAAATCCGCAAACAAC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g00310.t01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30126008|gb|CB911347.1|CB911347
EST:     TCCTATGATGGATTTGTTGGATGGCTTTGCCCCCAACCTACCATTGCCTG                         AGGACAATGGTCCTGTTTATCCATCTATAGTCGCATTTGAGAGCAGTGCCT
genomic: TCCTATGATGGATTTGTTGGATGGCTTTGCCCCCAACCTACCATTGCCTGgtaaacactt ... tcttaaacagAGGACAATGGTCCTGTTTATCCATCTATAGTCGCATTTGAGAGCAGTGCCT
EST: gi|156723711|gb|EV228503.1|EV228503
EST:     TCCTATGATGGATTTGTTGGATGGCTT-GCCCCCAACCTACCATTGCCTG                         AGGACAATGGTCCTGTTTATCCATCTATAGTCGCATTTGAGAGCAGTGCCT
genomic: TCCTATGATGGATTTGTTGGATGGCTTTGCCCCCAACCTACCATTGCCTGgtaaacactt ... tcttaaacagAGGACAATGGTCCTGTTTATCCATCTATAGTCGCATTTGAGAGCAGTGCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actaggctgtaaagtttgttctcaagataatgattaccatcttcttcttaaacagAGGACAATGGTCCTGTTTATCCATCTATAGTCGCATTTGAGAGCAGTGCCTTGAGGCTAACGTTCAACTTCTCCAAGACACCTGCAAATCCGCAAACAAC
                                 ttaccatcttcttctt  CT-rich tract
                          ataatgatta  TA-rich tract