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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGAGATTGCCATTAAGCGCCATACCTCAGATCTCACAACTCGAGCTATGGCTTTGATTGCTCTCTTAAAGCTTTCATGTCGTTTCCCATCTTGTTCAGAgtatgttcatgccttttcttctatttaaatgtttataagttctatttcccatgatcttcctgatgtaactttttccctactgacccttaatatatgcaca...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g00310.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0026g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT1G60070.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
TTGAGATTGCCATTAAGCGCCATACCTCAGATCTCACAACTCGAGCTATGGCTTTGATTGCTCTCTTAAAGCTTTCATGTCGTTTCCCATCTTGTTCAGAgtatgttcatgccttttcttctatttaaat----gtttataagttctatttcc-catgatctt-cctgatgtaact---ttttccctactgacccttaatatatgcaca--------------------------------------------------
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TCGAGAATGCTATTAAGCATCATTTATCAGATGTCACAACTAAGGCAATGGCACTCATTGCTCTGTTAAAGATCTCATCTCGTTTCCCATCCTGTTCAGAgtatgccaactcctacctagctagttgattctagattttctggttataatcacgcatgaactcatttcacgtccctgattttttcttattaattatgccgcgatgaaaattagtcaatgatacttctcaccagtgttgggcttgttgtattgcttacag